يجتمع كاي وجاي مجددًا لتقديم أفضل خط دفاع لدينا والأخير والوحيد ضد الفاتنة الشريرة التي تواجه التحدي الأصعب حتى الآن لبيان مهمة MIB غير الملوثة - حماية الأرض من حثالة الكون. لقد مرت أربع سنوات منذ أن تمكن العملاء الباحثون عن الكائنات الفضائية من تجنب كارثة بين المجرات ذات أبعاد أسطورية. أصبح الآن سباقًا مع الزمن حيث يجب على جاي إقناع كاي - الذي ليس فقط ليس لديه أي ذاكرة على الإطلاق عن الوقت الذي أمضاه مع MIB، ولكنه أيضًا الشخص الحي الوحيد الذي بقي لديه الخبرة لإنقاذ المجرة - ليجتمع مجددًا مع MIB قبل ذلك. تخضع الأرض للتدمير النهائي.